Спустя два месяца после того, как наши герои одержали блестящую победу над огромным кайдзю, угрожавшим Нью-Йорку, жизнь черепашек-ниндзя вернулась к привычному укладу. Они обустроились в своих уютных подземных логовах, наслаждаясь спокойствием и размеренными буднями. Однако тихая жизнь вскоре оказывается под угрозой, когда на горизонте появляется...