В центре повествования находится Кубо — юный мечтатель с уникальным талантом, позволяющим ему оживлять бумажные фигурки при помощи своей музыки. Этот дар делает каждодневную рутину мальчика яркой и насыщенной, но внезапно его мир оказывается под угрозой. Зловещие духи, стремящиеся разрушить его жизнь и угрожающие безопасности его семьи, заставляют...